神の怒りにふれた時、人々は人知を超えた試練によって試される…瀬戸内の小島「祈背島」≪いのせじま≫。この島には、白蛇を多産の神“コウミガミ”として奉る「巳重神社」≪みかさじんじゃ≫があり、宮司を務める神蛇家はその蛇神の望みとして言い伝えられている“兄妹婚”を代々慣わしとしていた。破れば下るという蛇の罰を恐れて…現在、宮司を務めるのは「神蛇丞」。先代である父が流行病でこの世を去ってすぐ跡を継いだものの、父を亡くしたことで精神を病んだ母「神蛇鏡佳」の世話に、妹の「神蛇玲」と二人、頭を悩ませていた。そんなある日、学者を名乗る「柳本国定」が神社を訪ねて来る。彼は民間伝承を研究しており、この神社の奉神“コウミガミ”に纏わる伝承について調べに来たのだった。一方で丞は、父が実は蛇の罰を受けたことで命を落としたという噂が巷で広まっていることからそれらの伝承を疎ましく思っており、柳本をつい追い返してしまう。同日、鏡佳の妹であり、丞の初恋の人「九鬼零佳」も現れ、泊まり込みで家事を手伝いたいと申し出て来るが、突然の事に丞は零佳を不信に思う。まさか宮司が代替わりした隙をついて、この神社を乗っ取る気ではないのかと……玲の頼みもあり受け入れることになるが、不信感は晴れぬままだった。そんな彼らを、一匹の白蛇が見つめる。それは血のように赤い瞳を妖しげに煌かせて、この世ならざる者の雰囲気を纏っていた。「再度創め、終わらせようぞ……」地を這いずるようなその冥い声は、彼らの日常の終焉と共に、すぐ傍まで迫っていた…